Die Führung der Schule Villmergen ist in einen operativen und einen strategischen Bereich gegliedert.

Die Schulleitung ist für die gesamte operative Führung der Schule verantwortlich. Diese beinhaltet die personelle, pädagogische, organisatorische, administrative und finanzielle Führung und Entwicklung.

Sie setzt sich aus der Gesamtschulleitung, drei Stufenleitungen sowie der Leitung Schulverwaltung zusammen. Die Gesamtschulleitung steht der Schulleitungskonferenz vor – wichtige Entscheide werden gemeinsam in diesem Gremium getroffen. Die Schulleitung pflegt einen kooperativen Führungsstil und kommuniziert aktiv und zeitnah. Die Stufenleitungen sind für die Führung und Entwicklung ihrer Stufe zuständig. Sie unterstützen die Lehrpersonen in ihrer Professionalität, sie pflegen eine offene und kollegiale Schulhauskultur und vernetzen Schule und Eltern. Der Gesamtgemeinderat ist für die strategische Führung der Schule zuständig. Dies beinhaltet den Vollzug der Gesetze und der Beschlüsse der kantonalen Behörden sowie des Gemeinderats. Die Ressortleitung Bildung ist die direkt vorgesetzte Stelle der Gesamtschulleitung und pflegt eine regelmässige und intensive Zusammenarbeit mit der operativen Führungsebene der Schule.

Die Kompetenzen aller Führungspersonen sind im Kompetenzreglement Gemeinderat – Schule geregelt. Diese gewährleisten eine möglichst klare Abgrenzung zwischen operativer und strategischer Führung.